این‌بار، در ساعات اولیه بامداد سیزدهم آبان 1343، نیروهای امنیتی رژیم، به بیت‌ امام(ره) حمله کردند و پس از دستگیری و انتقال به تهران، ایشان را به ترکیه تبعید کردند.
در جریان این دستگیری و تبعید - که بسیار سریع اتفاق افتاد - حجت‌الاسلام فلسفی(ره) برای ایراد سخنرانی به یزد دعوت شده بودند؛  هنوز چند روزی از منبر رفتن ایشان باقی مانده بود که خبر دستگیری و تبعید امام(ره) به یزد رسید. اولین عکس‌العملی که در قبال آن در یزد صورت گرفت، خودداری روحانیون شهر از اقامه نمازجماعت در مساجد بود:
«پس از انتشار ]خبر[  تبعید خمینی، کلیه علمایی که در مساجد نماز می‌خواندند، از خواندن نمازجماعت خودداری کرده‌اند. بلندگوی مساجد ساکت است، زیرا موذنین نیز اذان نمی‌گویند. آقای حاج‌شیخ‌محمد صدوقی که از علمای یزد است، با شنیدن خبر تبعید خمینی بیش از حد بر سر و صورت خود زده و چند روز است از منزل خارج نمی‌شود.»
بدیهی است که در این شرایط، ادامه منبر آقای فلسفی نیز، امکان‌پذیر نبود. آیت‌الله شهید صدوقی(ره) دراین‌باره می‌گوید:
«یادم هست که آقای فلسفی را برای سخنرانی دعوت کرده بودیم و جلسه خیلی عظیمی تشکیل می‌شد که در شب پنجم خبر رسید که امام را به ترکیه تبعید کردند. گفته شد که مجلس ادامه داشته باشد یا تعطیل شود. ما در جواب گفتیم اگر بناست حرفی نزنید و مجلس عادی برگزار شود، چنین مجلسی نتیجه ندارد، ولی اگر موضوع تعقیب می‌شود و می‌توانید از خودگذشتگی نشان بدهید و علیه اقدامی که کرده‌اند صحبتی بکنید، مجلس برقرار باشد. بالاخره بعد از دو سه روز دستور آمد که آقای فلسفی را جلب و به تهران اعزام کنند...»
تغییر محل تبعید امام(ره) از ترکیه به عراق گرچه خرسندی علما و روحانیون و مردم را به دنبال داشت اما از حرارت مبارزات علنی با رژیم پهلوی در بین قاطبه مردم و حوزه‌های علمیه کاسته شد و شیوه غالب مبارزه، به روشنگری روحانیون و افشاگری از طریق سخنرانی و انتشار کتب و نشریات دینی تغییر کرد.
اصلی‌ترین ماموریت رژیم شاهنشاهی پهلوی که اینک، اعضای تشکیلات بهائیت در جای جای  آن رخنه داشتند، دین‌زدایی و برکناری اسلام از متن زندگی مردم مسلمان بود که از طرق مختلف و با ترفندهای متفاوت صورت می‌گرفت. یکی از این ترفندها، طراحی لایحه تحت عنوان حمایت از خانواده بود که در آن، مسئله ازدواج و طلاق، محمل قرار داده شد و هرگونه طلاق و ازدواج مجدد در اختیار دادگاه‌ها قرار گرفت. این طرح از همان سال‌های ابتدایی نهضت امام‌خمینی(ره) در دستور کار قرار داشت و در نشریات وابسته نیز منتشر شده بود. از این رو امام(ره) در فروردین‌ماه سال 1343 ش در پیامی به مردم ایران، ضمن ابراز تأسف از تسلط اسرائیل و بهائیت بر اوضاع کشور، اعلام کردند:
«من متاسفم از اینکه در مملکت اسلامی، برخلاف قانون اساسی، اوراق ضاله مخالف با نص قرآن و ضروریات دین مقدس نشر می‌شود، و دولت‌ها از آن پشتیبانی می‌کنند. کتاب انتقاد که بر رد قرآن مجید نوشته شده، و طرح قانون خانواده که برخلاف احکام ضروریه اسلام و خلاف نص کلام‌الله مجید ]است[‌، طرح و منتشر می‌گردد، و کسی نیست از دولت‌ها استیضاح کند.»!
با مطرح شدن این لایحه (در سال 1346 ش)، آیت‌الله شهید صدوقی(ره) با شدت تمام با آن به مقابله برخاست.
«آقای صدوقی  که از روحانیون درجه یک یزد می‌باشد نسبت به لایحه حمایت خانواده مخالفت شدیدی نموده است و چون شهریه‌های طلاب به وسیله یاد شده جمع‌آوری می‌گردد و همچنین نماینده آیت‌الله خمینی در یزد است، اهالی یزد از ایشان تبعیت می‌کنند. وی از روحانیون مبارز و کم‌نظیر می‌باشد و در بین مردم یزد دارای نفوذ زیادی است.»