مزروعی با تشکیک در مجرم بودن عده‌ای که با هدف اخلال در نظم جامعه به اموال عمومی خسارت وارد کرده‌اند، پخش سخنان خاتمی را از صدا‌و‌سیما بهانه قرار داد و گفت که «شاید به کار بردن لفظ اوباش از سوی رئیس جمهور قابل انتقاد باشد زیرا تعدادی از افراد تخلفاتی انجام داده‌اند که ثابت کردن اوباشگری در مورد آنها نیازمند بررسی است» این‌گونه حمایت‌ها از آشوب‌های خیابانی سرلوحه دستورکار بخشی از اصلاح‌طلبان بود. تا جائی که حتی حاضر بودند هزینه انتقاد از رئیس‌جمهور اصلاحات را نیز برای آن بپردازند.
سپاه پاسداران انقلاب اسلامی
اصل ۱۵۰ قانون اساسی، سپاه را موظف به «نگهبانی از انقلاب و دستاوردهای آن» دانسته است. مخالفت با اقدام سپاه برای حفظ دستاوردهای انقلاب از عزم مشارکتی‌ها برای مخالفت تدریجی با قانون اساسی و اصول انقلاب و زمینه‌چینی بیشتر جهت طرح موضوع ضرورت تغییر قانون اساسی حکایت می‌کرد. حرکتی نرم و آرام که گذشت زمان از آن پرده برداشت.
تضعیف نهادهای اساسی کشور یکی از مهم‌ترین دستورالعمل‌های همه‌جانبه بعضی از اصلاح‌طلبان بوده است و با هر بهانه‌ای به این نهادها تاخته‌اند. در این میان سپاه پاسداران همواره جیره مشخصی از آتش توپخانه اصلاح‌طلبان تندرو داشته است. آنان در صدد بودند تا بودجه دفاعی کشور را تقلیل دهند.  با همین رویکرد و به بهانه بیانیه سپاه علیه لشکر‌کشی‌ها و جنگ‌افروزی‌های ایالات متحده در خاورمیانه سوالی را از وزیر دفاع پیش کشیدند، که در جلسه علنی ۱۸ دی ۱۳۸۱ مطرح شد.
با طرح سوال مزروعی و برخی نمایندگان مجلس ششم، «شمخانی» وزیر دفاع به خاطر مواضع ضد آمریکایی «سردار ذوالقدر» (جانشین فرمانده کل سپاه) به مجلس فرا خوانده شد. «محسن میردامادی» رئیس مشارکتی کمیسیون امنیت ملی و سیاست خارجی، توضیحات وزیر دفاع را درباره اظهارات ضد آمریکایی سردار ذوالقدر برای اعضای کمیسیون و نمایندگان طراح سوال قانع‌کننده دانست. اعضای این کمیسیون را عمدتا مشارکتی‌ها تشکیل می‌دادند.  با این وجود مزروعی عضو کمیسیون مشارکت همچنان با پافشاری بر مواضع خویش طی گفت‌وگویی اظهار داشت: «به صراحت اعلام میکنم از پاسخ‌های آقای شمخانی به هیچ وجه قانع نشدیم. سوال ما همچنان باقی است و حتی طبق روال کاری مجلس باید به صحن علنی مجلس کشیده شود». مزروعی با ادعای درک درست از شرایط ایران و آمریکا بر این باور است که افراد و رسانه‌هایی با فهم نادرست از روابط بین‌الملل خصوصا روابط ایران و آمریکا به تحلیل شرایط حاکم میان دو کشور می‌پردازند. از نگاه او این افراد و رسانه‌ها یکسره در تحلیل‌هایشان دچار اشتباه شده‌اند و از سوی دیگر می‌خواهند «با رجزخوانی‌های نظامی توان بازدارندگی ایران را به نمایش بگذارند»  
نواندیشان دینی و روشنفکران سکولار
مزروعی معتقد است که دولت نهم در حوزه‌های فرهنگی نیز از آرزوهایی که «جریان تحول‌خواه و نوگرای ایران که در برگیرنده علمای نواندیش دینی و روشنفکران و نخبگان می‌شود» فاصله گرفته است و این عده (نواندیشان دینی و روشنفکران غربزده) از «یکصد سال پیش تلاش و مبارزه خود را برای ساختن ایرانی نو» آغاز کردند. ایرانی که مطابق آمال و آرزوهای ایشان باید به نسخه‌ای دست چندم از کشورهای پیشرفته تبدیل می‌شد و در مسیر این تحول باید سیر خودباختگی فرهنگی را می‌پذیرفت. دراین راه نواندیشان دینی در کنار روشنفکران سکولار قرار گرفتند تا به مبارزه خود علیه فرهنگ ایرانی – اسلامی صورتی علمی و فرهنگی ببخشند. چرا که ایشان به این باور رسیده بودند که «تنها راه چاره پیش‌روی جریان تحول‌خواه،‌ باور به یک کار تیمی و دستیابی به یک چشم‌انداز و اهداف مشترک است» به همین منظور باز تولید «پروژه جامعه مدنی» در «مرکز مطالعات دموکراسی»‌ در دانشگاه «وست مینستر» لندن به منظور فروپاشی ایدئولوژیک نظام جمهوری اسلامی صورت گرفت. قرار بود پروژه جامعه مدنی نقطه اتصال نواندیشان دینی و روشنفکران سکولار باشد. با تمام تلاش‌هایی که از جانب مجریان این پروژه صورت گرفت،‌ مزروعی از شکست خوردن آن خبر داد و گفت که «جامعه مدنی به آن مفهومی که در ایران بحث می‌شود هنوز در ایران شکل نگرفته» است.   رجبعلی مزروعی و حسن یوسفی اشکوری در میزگرد رادیو دویچه وله به بررسی دورنمای نزدیکی نیروهای اصلاح‌طلب مذهبی و سکولار پرداختند. آنها این موضوع را در قالب چالش «سنت و مدرنیته» مطرح کرده و میزان را «حقوق بشر» یا «عقلانیت مدرن» قرار دادند.