عقلانیت مدرنی که برآمده از آراء «کارل پوپر» است و «فهم علمی غرب» را معیار اثبات و ابطال مسائل می‌داند. مزروعی از این منظر جنبش سبز را جنبشی می‌داند که «تنوع و تکثر را به رسمیت شناخته است» (47) و به این معنا راه را برای حضور علوم انسانی سکولار هموار می‌کند. کثرت‌گرایی آمریکایی،‌ همان ایدئولوژی غربی جنگ سرد بود که وانمود می‌کرد از بلوغ علوم اجتماعی سربرآورده است. در این بستر نواندیشان دینی و سکولارها می‌توانند با اتکا به فلسفه پلورالیسم به تجمیع آراء و نظرات خود حول محور علوم انسانی غربی بپردازند.
حرکت ایران برای دستیابی به «دانش صلح آمیز هسته‌ای» همواره محل مناقشه نواندیشان مذهبی و روشنفکران سکولار خارج نشین با جمهوری اسلامی بوده است. مزروعی نیز با تشکیک در اصل فایده دار بودن چنین دانشی آن را خطری برای استقلال ایران دانسته و می‌گوید:
«اصل ورود به این موضوع (سرمایه‌گذاری فراوان روی دانش هسته‌ای و غنی‌سازی اورانیوم) چقدر به صرفه و صلاح کشوری با مشخصه‌ها و ویژگیهای ایران است؟»
انتخابات ریاست جمهوری دهم
با نزدیک شدن به انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ اپوزیسیون خارج نشین به همراه اصلاح‌طلبان رادیکال با پشتوانه رسانه‌های خارجی و بخشی از رسانه‌های داخل کشور به القا حس بی‌اعتمادی به نهادهای حکومتی در جریان انتخابات پرداختند. چنانکه مزروعی چند ماه پیش از برگزاری انتخابات گفت: «انتخابات حالا هم از حالت رقابتی خارج است. الان مجری و ناظر بر انتخابات از یک جناح و یک فکر است؛ فکر نمی‌کنم باید کار دیگری صورت بگیرد. همه نهادهای حکومتی به یک جهت گرایش دارند.» شایان ذکر است که مزروعی با ادعای تقلب که توسط کروبی پس از انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۴ مطرح شد، موافق نبود. آن هم به این دلیل که مجری انتخابات نهم، دولت اصلاحات بوده است. مزروعی می‌گوید که «با نظر آقای کروبی در مورد انتخابات گذشته [۱۳۸۴] موافق نیستم. چرا که مجری انتخابات گذشته آقای خاتمی بود»   
آنها با القا حس بی‌اعتمادی به یک بازی بدون باخت فکر می‌کردند. در صورت پیروزی کاندیدای اصلاح‌طلبان به آرزوی خود می‌رسیدند و اگر این امر محقق نمی‌شد با جار و جنجال مسئله «تقلب» را مطرح می‌کردند. تا از این حربه به عنوان اهرم فشاری علیه نظام استفاده کنند و با ایجاد آشوب در داخل، افزایش فشارهای خارجی را تحت عناوین «کمک به گسترش دموکراسی»، «حقوق بشر» و «مطالبات مردمی»‌ طلب کنند. به این وسیله دستکم می‌توانستند بار اتهامی را سالها بر دوش نظام بگذارند. مقام معظم رهبری در خطبه نماز جمعه ۲۹ خرداد ۱۳۸۸ و در واکنش به رخدادهای پس از انتخابات فرمودند:
«زورآزمایی خیابانی بعد از انتخابات کار درستی نیست، بلکه به چالش کشیدن اصل انتخابات و اصل مردم سالاری است. من از همه می‌خواهم به این روش خاتمه بدهند... اين تصور هم غلط است كه بعضى خيال كنند با حركات خيابانى، يك اهرم فشارى عليه نظام درست مي‌كنند و مسئولين نظام را مجبور مي‌كنند، وادار مي‌كنند تا به عنوان مصلحت، زير بار تحميلات آنها بروند... تن دادن به مطالبات غیر قانونی،‌ زیر فشار،‌خود این شروع دیکتاتوری است»  
مزروعی در گفت‌وگو با رادیو فردا (ارگان سازمان جاسوسی سیا) از پیشنهاد «سعید حجاریان» مبنی بر گفت‌وگوی میان اصولگرایان و اصلاح‌طلبان استقبال می‌کند. اگرچه مزروعی و همراهان فکری‌اش پس از انتخابات ریاست جمهوری دهم،‌ آن را «کودتای انتخاباتی ۸۸» نامیدند و با پیش کشیدن موضوع تقلب به هیچ راه‌حل قانونی و بر مبنای گفت‌وگو برای بررسی و حل اختلاف تن ندادند، لکن پس از گذشت بیش از سه سال از طرح موضوع تقلب و به بار ننشتن اهداف پیدا و پنهان طراحان این مدعا، مزروعی بحث «گفت‌وگوی ملی» را باور خود دانسته و اظهار داشت که «همه ما آن را باور داریم که در ایران باید یک گفت‌وگوی ملی بین همه نیروها صورت گیرد» مزروعی معتقد است که «در روز عاشورا «اردوکشی خیابانی سبزها» ذیل پرچم آزادیخواهی و ظلم ستیزی امام حسین(ع) شکل گرفت» و کاملا بدیهی است که با این مقدمه و ذیل این جملات که در آن از پرچم امام حسین(ع) دم زده می‌شود؛‌ اعمال حرمت شکنانه عاشورای ۸۸ به سناریویی از سوی ستاد تبلیغاتی حاکمیت تعبیر شود: «در پی‌حوادث روز عاشورا و در پی اجرای سناریوی هتک حرمت عاشورا از سوی ستاد تبلیغاتی حاکمیت طراحی و از بوق صدا و سیما و رسانه‌های حکومتی بر آن دمیده شد.»