پایبندی رهبر انقلاب به فقه جواهری بسیار جدی است. ایشان در مباحثی که ارائه می‌کنند و در اظهارنظرها کاملا مقیدند که به همان روش قدما بحث کنند. در واقع ایشان به فقه سنتی پایبند هستند و به سنت اجتهاد تقید دارند. بعضی‌ها نظریات جدیدی را مطرح می‌کنند، اما نظرات آنها از روحیه فقهی لازم برخوردار نیست. ایشان کاملا به رعایت اصول و مبانی سنت اجتهاد پایبندی از خودشان نشان داده و تلاش می‌کنند که تمام نظریاتی که دارند، تنها در چهارچوب فقه جواهری ارائه شود.
البته ایشان بارها طلاب جوان را سفارش و نصیحت کرده‌اند که در ارائه نظریات جدید شجاعت بیشتری از خودشان به خرج دهند. می‌گفتند شما طلبه‌های جوان حتما در چهارچوب ضوابط و اصول شناخته شده فقط جواهری کار کنید، اما اگر در این چهارچوب فکر و تحقیق کردید، از ارائه نظر جدید ابایی نداشته باشید. حتی به خاطر دارم آن موقعی که قرار بود مجله‌ای به صورت فارسی منتشر شود و تحقیقات فقهی طلاب جوان را به زبان فارسی و به زبان جدید ارائه کند، بسیاری از دوستانی که در این زمینه مسئولیت داشتند و به دنبال راه انداختن این جریان بودند، نوعی نگرانی داشتند از اینکه چه واکنش‌هایی را در حوزه خواهند دید. رهبر معظم انقلاب اما سفارش می‌کردند که نگرانی نداشته باشید و از ایجاد چنین کرسی‌های آزاداندیشانه‌ای حمایت کردند تا شکل گرفت. ایشان می‌فرمودند حالا شما خیال نکنید که هر نظری که می‌دهید، باید منجر به صدور فتوا شود. شما یک مطلبی را می‌گویید و نفرات بعدی می‌آیند و آن را نقد و تحلیل و تکمیل می‌کنند تا ان‌شاءالله در آینده بتواند مبنای صدور فتوا قرار بگیرد. این ترویج آزاداندیشی و نوگویی در عین تقید به ضوابط و اصول سنت شناخته شده اجتهاد از خصوصیات درس ایشان بود و جرات اظهارنظر جدید را به شاگردانشان القا می‌کردند.
ایشان در روش فقاهت خودشان کاملا پایبند به گذشتگان هستند و از سنت اجتهاد جواهری تخطی نمی‌کنند، اما این به معنی عدم توجه به لزوم برخی تغییرات در شیوه تدریس و شیوه تحصیل در حوزه نیست. ایشان، هم نسبت به ویرایش  و پیرایش کتب درسی نظر داشتند و هم در روش تحصیل و تدریس بارها اعلام کردند.
(خاطراتی از جلسات درس خارج رهبرانقلاب به روایت دکتر محسن اسماعیلی، به نقل از پایگاه اطلاع‌رسانی دفتر حفظ و نشر آثار حضرت آیت‌الله خامنه‌ای).