متن سوال در این اعلامیه به شرح زیر است:
«محضر مقدس اساتید بزرگ و مدرسین عالی مقام و فضلای حوزه علمیه قم، دامت برکاتهم
    محترماً به عرض می‌رساند، رحلت حضرت آیت‌الله‌العظمی آقای حکیم قدس‌سره موجب تأسف عمیق گردید. استدعا می‌شود نظریه خود را درباره مرجع تقلیدی که مقلدین معظم‌له لازم است به ‌وی مراجعه نمایند به‌طور مشخص و با قاطعیت بیان فرمایید.»
آیت‌الله جنتی در پاسخ نوشتند:
«بسم الله الرحمن الرحیم
موضوع مرجعیت عامه مطلبی است که با تمام شئون مادی و معنوی ملت اسلام سر و کار دارد. کیان اسلام و کلیه حیثیات ملل اسلامی همیشه وابسته به روشن‌بینی و قاطعیت و علم و تقوای مراجع تقلید بوده و در این زمان که اسلام عزیز از همه ادوار بیشتر به رهبر واجد شرایطی محتاج است، مرجعیت عامه حضرت آیت‌الله العظمی الخمینی مدظله العالی قابل هیچ‌گونه تردید و مناقشه‌ای نیست.احمد جنتی 16/3/1349»
     انتشار این پرسش و پاسخ، بازتاب وسیعی در سطح جامعه داشت. به همین دلیل رژیم  بلافاصله در صدد دستگیری و تبعید صادرکنندگان آن بر آمد. در سند زیر به این موضوع اشاره شده است:
«روز جاری اعلامیه‌ای تحت عنوان نظریه اساتید بزرگ و حجج اسلام حوزه مقدسه علمیه قم درباره مرجعیت عامه حضرت آیت‌العظمی خمینی فتوکپی شده به دست‌آمده که ربانی شیرازی، حسینعلی منتظری، حسین نوری، محمد موحدی فاضل، غلامرضا صلواتی، علی مشکینی، ابوالقاسم خزعلی، نعمت‌الله صالحی، شاه‌آبادی، ابراهیم امینی، یحیی انصاری شیرازی، احمد جنتی هر یک با دست‌خطی مرجعیت خمینی را ذیل آن تأیید نموده‌اند. با توجه به امریه معطوفی که مقرر گردیده نسبت به دستگیری منتظری و ربانی اقدام شود. نظریه عالی را در مورد دستگیری دیگر امضاء کنندگان سریعاً ابلاغ فرمایند.»
ساواک در اولین اقدام آیت‌الله شیخ عبدالرحیم ربانی شیرازی و آیت‌الله شیخ حسینعلی منتظری را دستگیر و روانه زندان کرد و به ساواک قم در مورد سایر امضاءکنندگان اعلامیه دستور داد:
 «در مورد افرادی که در قم دستگیر شده‌اند و همچنین اشخاصی که ذیل طومار را امضاء کرده‌اند کمیسیون امنیت اجتماعی محل تشکیل و به زابل تبعید و نتیجه را اعلام دارند.»
ساواک مرکز مدت تبعید افراد دستگیر شده را سه سال تعیین کرد.52 آیت‌الله جنتی برای اینکه دستگیر نشود قم را ترک کرد، اما پس از سه ماه با شروع سال تحصیلی به حوزه علمیه قم بازگشت و ساواک کوشید تا با تهدید و تطمیع وی را وادار به همکاری کند.دستگیری یکی از فرزندان آیت‌الله جنتی به جرم فروش رساله‌های حضرت امام(ره)، موقعیت مناسبی برای ساواک قم بود که  ایشان را احضار و در مورد همکاری با وی مذاکره کند:
«در اجرای امر، نامبرده بالا به نحو غیر محسوس به ساواک احضار و تذکرات لازم به وی داده شد ضمن مذاکرات مختلف در مسائل مربوط به روحانیت و وجهه و شخصیت مشارالیه در حوزه، نامبرده اظهار داشت متأسفانه تفاهم در بین نیست از جمله مسأله اتهام فرزند خود را عنوان و افزود که به نظر من او جرمی نداشته که در خور این همه عقوبت باشد. بر اساس بهانه‌های جوانی و نادانی و یا انتفاع مادی به رساله فروشی اقدام کرده که با توجه به عدم پیشینه سوء می‌بایستی در اولین وحله عوارض عمل خلاف وی به او تفهیم و بالاخره لازم بود بر اساس تفاهم به وی گوشزد می‌شد که منبعد مرتکب این اعمال نشود و این حق را هم شاید داشته. ... به استحضار می‌رساند مشارالیه در حال حاضر از وضعی که جهت فرزندش ایجاد شده بسیار ناراحت و با روحیه فعلی به هیچ وجه آمادگی همکاری در وی مشهود نیست.»
تبعید آیت‌الله جنتی
پس از مواضع آیت‌الله جنتی در خصوص مرجعیت امام(ره) و بی نتیجه بودن تلاش‌های ساواک برای جلب همکاری وی، بازداشت ایشان حتمی شده بود. دستگیری تعدادی از اعضای سازمان مجاهدین خلق(منافقین) در زمستان 1350 و صدور احکام اعدام و زندان برای 69 نفر از آنان باعث شد تا آیت‌الله جنتی به همراه «آیت‌الله مهدی ربانی املشی»، «آیت‌الله محمدعلی گرامی» و «آیت‌الله محمد یزدی» به منزل مراجع قم مراجعه و در صدد تعطیلی کلاس‌های درس حوزه علمیه قم بر آیند.
«عده‌ای[از] مدرسین و طلاب ناراحت حوزه جهت همدردی با خانواده‌های محکومین، متحصنین در منزل شریعتمداری، به مراجع مراجعه و مصراً خواستار تعطیل درس حوزه گردیده‌اند. لذا مراتب ظهر روز 20/2/51 تلفناً به آقای جوان اطلاع و پیشنهاد شده که چهار نفر از محرکین اصلی به اسامی محمدعلی گرامی فرزند عباس ـ احمد جنتی فرزند هاشم ـ محمدمهدی ربانی فرزند ابوالمکارم ـ محمد یزدی فرزند علی که هر یک در آن اداره کل نیز سوابقی دارند دستگیر و بقیه وسیله شهربانی به تواتر به ساواک احضار گردند که در نتیجه منجر به متواری شدن آنان از منطقه خواهد شد و در صورت مراجعه نیز با دادن تذکر و اخذ تعهد در این زمینه آزاد گردند.
به این ترتیب با موافقت ساواک مرکز آیت‌الله جنتی به همراه آیت‌الله شیخ مهدی ربانی املشی، شیخ محمد گرامی و شیخ محمد یزدی، شبانه دستگیر و مستقیماً به زندان قزل قلعه تهران منتقل شدند و تحت بازجوئی قرار گرفتند.56 آیت‌الله جنتی پس از یک ماه بازداشت در تاریخ 23/3/1351 از زندان آزاد شد. در تاریخ 9/12/1351 وی را مجدداً به اتهام ارتباط با آقای عزت‌الله شاهی، معروف به مطهری دستگیر کردند و در زندان کمیته مشترک ضد خرابکاری مرکز تحت بازجوئی و شکنجه‌های روحی و روانی قرار دادند. ایشان در این خصوص در مصاحبه‌ای با هفته‌نامه پیام انقلاب گفته‌اند:
«مدت 20 روز مرا در کمیته نگه داشتند. در کمیته مرا شکنجه جسمی نمی‌دادند. فکر می‌کنم بخاطر ضعف بدنی من بود و اینطور حس می‌کردند که ممکن است من طاقتش را نداشته باشم و برای آنها اسباب زحمت بشود. ولی شکنجه‌های آنها روحی بود و کسانی را که می‌خواستند شکنجه بدهند در مجاورت من شکنجه می‌دادند و من بسیاری از شبها در نیمه‌های شب صدای شلاق و صدای ناله و شیون شکنجه‌شدگان را به وضوح می‌شنیدم.»
     آیت‌الله جنتی در تاریخ 28/12/1351 پس از بیست روز از زندان آزاد و بنا به دستور ساواک مرکز مورد کنترل و مراقبت شدید قرار گرفت.