از مهم‌ترین جنایات رژیم پهلوی، حمله به دانشگاه‌ها و کشتار دانشجویان بود که همواره به عنوان یکی از نقاط سیاه کارنامه این رژیم از آن یاد می‌شود. کشتار دانشجویان دانشگاه تهران در آذر 1332، حمله به این دانشگاه در بهمن 1340، به خاک و خون کشیدن اعتراضات دانشجویان تبریز، حمله به دانشگاه تهران در آبان 57 از مهم‌ترین این جنایات محسوب می‌شود.
حمله به دانشجویان در 16 آذر 32
16 آذر 1332 یکی از مهم‌ترین جنایات رژیم پهلوی در دانشگاه تهران اتفاق افتاد. کم‌تر از 4 ماه پس از کودتا علیه دولت دکتر محمد مصدق در 28 مرداد آن سال، اعتراض دانشجویان به‌خاطر برقراری دوباره رابطه سیاسی ایران با انگلیس و سفر نیکسون، معاون رئیس‌جمهوری وقت آمریکا به تهران با شهادت 3 دانشجو همراه می‌شود.
دکتر مصطفی چمران، که از شاهدان واقعه 16 آذر 32 است می‌گوید: «روز 15 آذر یکی از دربانان دانشگاه شنیده بود که تلفنی به یکی از افسران گارد دانشگاه دستور می‌رسد که باید دانشجویی را شقه کرد و جلوی در بزرگ دانشگاه آویخت که عبرت همه شود و هنگام ورود نیکسون صداها خفه گردد و جنبنده‌ای نجنبند.»
روز 16 آذر دانشجویان هنگام نزدیک شدن به دانشگاه، به حضور مأموران و وجود تجهیزات آنان در اطراف دانشگاه پی بردند. رژیم در اقدامی کم سابقه، نیروهای لشکر دو زرهی را به دانشگاه اعزام کرد. در پی یورش نیروهای امنیتی و گارد به دانشکده فنی دانشگاه تهران و درگیری میان آنان و دانشجویان، سه دانشجوی این دانشگاه شهید و گروهی مجروح و بازداشت شدند.
بعد از این فاجعه مقامات رژیم تصمیم به اعطای تشویقی به افسران، درجه‌داران و حتی سربازانی که روز 16 آذر دانشگاه را به خون کشیدند، گرفتند. در سندی به جا مانده از لشگر دو زرهی در تاریخ 25 آذر با قید «خیلی فوری» به «کلیه واحدها و دوایر تابعه لشکر» درباره «تشویق افسر و درجه‌داران و افراد جانباز» آمده است: «در اثر جدیت و فعالیتی که از افسران و درجه‌داران و سربازان دسته جانباز در مأموریت دانشگاه تهران در روز شنبه شانزده ماه جاری مشاهده گردید، گروهبانان مربوطه کلیه به دریافت پاداش نقدی مفتخر و ضمناً از تاریخ 16 آذر 1332 سه نفر از درجه‌داران مزبور به درجه گروهبان دومی و چهار نفر از سربازان نیز به درجه سرجوخگی مفتخر می‌شوند.» و اینگونه، این عملیات، به عنوان تاریک‌ترین نقطه در کارنامه رژیم پهلوی ثبت شد.
حمله چتربازان به دانشگاه تهران در سال 40
حمله چتربازان و کماندوها به دانشگاه تهران در اول بهمن 1340 از دیگر جنایات رژیم پهلوی در دانشگاه‌ها است. در این روز به دنبال اعتراض دانشجویان دانشگاه تهران به تعطیلی مجلس شورای ملی، چتربازان و کماندوهای رژیم پهلوی تحت فرماندهی سروان منوچهر خسروداد با دستور مستقیم شاه به دانشگاه تهران یورش برده و صدها تن از دانشجویان و اساتید را مورد ضرب و شتم قرار‌داده، مصدوم و مجروح ساختند و بسیاری از وسایل آموزشی و آزمایشگاهی و کتب و منابع مطالعاتی را نابود ساختند. گفته می‌شد حدود 600 تن از آسیب‌دیدگان راهی بیمارستان شدند.
رئیس‌وقت دانشگاه تهران، به دنبال حمله به دانشگاه ضمن نامه‌ای خطاب به علی امینی، نخست‌وزیر وقت، به این حمله شدیداً اعتراض کرد و بلافاصله از مقام خود استعفا داد. در بخشی از این نامه آمده است: «پس از حمله به دانشگاه، سربازان و چتربازان بدون فرق و تفاوت، یکسان به دانشجویان پسر و دختر حمله کردند، دانشجویان بسیاری را به قصد کشت مضروب نمودند. من هیچ‌گاه ندیده و نشنیده‌ام تا این حد بی‌رحمی، سادیسم، خشونت و خرابکاری از ناحیه قوای دولتی اعمال شود.»
در ادامه این نامه با اشاره به «خرابکاری سربازان» در دانشگاه آمده است: «هنگام سرکشی در بناهای دانشگاه صحنه‌ای نظیر هجوم قشون وحشی به خاک دشمن را در برابر چشمانمان مجسم ساخت. کتاب‌ها پاره پاره
شده بودند، نیمکت‌های درس شکسته شده بودند، ماشین‌های تحریر شکسته شده و خرد شده بودند، تجهیزات آزمایشگاه یا خراب و غیر قابل استفاده شده بودند و یا به سرقت رفته بودند. حتی بیمارستان دانشگاه از خرابکاری سربازان در امان نمانده بود و عده زیادی از سرپرستاران و بیماران یا مضروب شده بودند و یا مجروح.» رئیس‌دانشگاه تهران در ادامه با محکوم کردن این عمل وحشیانه و جنایی ادامه می‌دهد: «تمام رؤسای دانشکده‌ها و نیز خود من استعفای خود را به شما ابلاغ می‌کنم و این استعفانامه‌ها مادامی که مسئولین این وحشی‌گری‌های حیوانی مجازات نشوند، معتبر خواهد بود.»
اردیبهشت خونین در دانشگاه آذرآبادگان
بر اساس اسناد ساواک در روز «18 اردیبهشت 1357 دانشجویان دانشگاه آذرآبادگان به مناسبت چهلم کشته شدگان یزد، اهواز و جهرم، در محوطه دانشگاه اجتماع و شروع به شعارهای مضره کردند.» در نتیجه «گارد دانشگاه با استفاده از گاز اشک‌آور اقدام به متفرق نمودن دانشجویان نموده» سپس «نیروی کمکی شهربانی محل به منظور تقویت گارد وارد دانشگاه شد.» بنابراین «مأمورین شروع به تیراندازی» کردند. در این درگیری، دانشجویان «مورد اصابت گلوله» قرار گرفته کشته و مجروح شدند.
حدود یک ساعت پس از خاتمه درگیری، استاندار آذربایجان شرقی به همراه رئیس‌دانشگاه تبریز برای بررسی قضیه از دانشگاه بازدید کردند. پس از بازدید استاندار از دانشگاه گزارشی به نخست وزیر ارسال شد که در آن علت بروز فاجعه «اقدام بی‌رویه و خشونت گارد دانشگاه و با سلاح وارد شدن گارد به محوطه و بالاخره تیراندازی بدون اجازه و تعقیب دانشجویان حتی در داخل ساختمان‌ها» عنوان شده است.
متعاقب جنایات خونین رژیم در این ماه روزنامه دیلی تلگراف نوشت: «شاه، در برخورد با وخیم‌ترین اغتشاشات داخلی بیست سال گذشته در ایران، ناچار شد سیاست آزادی‌های جدید خود را که دو ماه پیش به اصرار کارتر اتخاذ کرده بود کنار بگذارد.»
کشتار رژیم شاه در 13 آبان 57
رژیم پهلوی در ادامه جنایات خود، در13 آبان 57 در حوالی دانشگاه تهران خشن‌ترین حادثه پس از 17 شهریور را رقم زد که در پی آن تعدادی شهید و زخمی شدند. در اوایل آبان رژیم پهلوی دانشگاه تهران را تحت کنترل خود درآورد به طوری که روز پنجشنبه 4 آبان، این دانشگاه توسط نیروهای حکومت نظامی بسته شد و از ورود دانشجویان جلوگیری به عمل آمد. هفتم آبان نیروهای ارتش در اطراف دانشگاه تهران مستقر شدند و از حضور دانشجویان در دانشگاه جلوگیری کردند.
روز شنبه 13 آبان گروه‌های دانش‌آموزی با تعطیل مدارس به سوی دانشگاه تهران حرکت کردند و در آنجا به دانشجویان معترض پیوستند. متعاقب آن نیروهای نظامی از ساعت 11 صبح محاصره دانشگاه را آغاز کردند. حدود ساعت 12 ظهر نیروهای ارتش جلوی درب جنوبی دانشگاه مستقر شدند و شلیک نارنجک گاز اشک‌آور را به داخل دانشگاه آغاز کردند. تظاهرکنندگان با برافروختن آتش به خنثی‌‌سازی گازها پرداختند که ناگهان نیروهای نظامی نوک اسلحه‌های خودکار خود را از میله‌ها به سوی تجمع‌کنندگان گرفتند و بر روی آنها آتش گشودند. تعداد زیادی در خاک و خون غلطیدند و صدها نفر مجروح شدند. خبرگزاری‌ها تعداد شهدا را 10 نفر و دانشجویان 65 نفر اعلام کردند. کم‌کم تظاهرات به بیرون از دانشگاه کشیده شد و سرتاسر تهران به میدان جنگ تبدیل شد. در این تظاهرات خیابانی 30 نقطه تهران به آتش کشیده شد.
هر چند این آخرین جنایت رژیم پهلوی علیه مردم ایران نبود، اما بعد از آن رخداد، دانشجویان به همراه دیگر اقشار جامعه با حضور در میدان مبارزه، بساط رژیم شاهنشاهی را در هم پیچیدند.