متن پیام رهبر معظم انقلاب اسلامی به شرح زیر است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
جنایت شقاوت‌آمیز در حرم مطهّر حضرت احمدبن موسی علیهماالسلام که به شهادت و مجروح شدن ده‌ها مرد و زن و کودک بی‌گناه انجامید، دل‌ها را‌ اندوهگین و داغدار کرد. عامل یا عاملان این جنایت‌اندوهبار یقیناً مجازات خواهند شد ولی داغ عزیزان و نیز هتک حرمت حرم اهل بیت علیهم‌السلام جز با جست‌وجو از سررشته این فاجعه‌آفرینی‌ها و اقدام قاطع و خردمندانه درباره‌ آن، جبران نخواهد شد. همه در مقابله با دست دشمن آتش‌افروز و عوامل خائن یا جاهل و غافل او وظایفی برعهده ‌داریم؛ از دستگاه‌های حافظ امنیت و قوه‌ قضائیه تا فعالان عرصه‌ فکر و تبلیغ و تا آحاد مردم عزیز باید ید واحده‌ای باشند در مقابل جریانی که به جان مردم و امنیت آنان و مقدسات آنان بی‌اعتنائی و بی‌احترامی روا می‌دارد. ملت عزیز و دستگاه‌های مسئول یقیناً بر توطئه‌ خباثت‌آمیز دشمنان فائق خواهند آمد، ان‌شاءالله.
این‌جانب به خانواده‌های عزادار این حادثه و به مردم شیراز و به همه‌ ملت ایران تسلیت می‌گویم و شفای مجروحان را از خداوند متعال مسألت می‌کنم.
سید علی خامنه‌ای
۵ آبان ۱۴۰۱