ديني که از مردم در اصول خود تحقيق مي‌خواهد‌(و تحقيق هم يعني به دست آوردن مطلب از راه تفکر و تعقل) خواه و ناخواه براي مردم آزادي فکري قائل است. 
مي‌گويد، اصلا من از تو «‌لا اله الا الله» را که در آن فکر نکرده‌اي و منطقت را به کار نينداخته‌اي‌ نمي‌پذيرم، نبوت و معادي را که تو از راه رشد فکري انتخاب نکرده‌اي و به آن نرسيده‌اي من از تو نمی‌پذيرم. پس ناچار به مردم آزادي تفکري مي‌دهد. 
مردم را از راه روحشان هرگز نمی‌ترساند‌، نمي‌گويد مبادا در فلان مسئله فکر بکني که اين وسوسه شيطان است و اگر وسوسه شيطان در تو پيدا شود به سر در آتش جهنم مي‌روي. در اين زمينه احاديث زيادي هست. از آن جمله است که پيغمبر اکرم‌(صلی‌الله علیه و آله) فرمود: از امت من نُه چيز برداشته شده است. 
يکي از آنها اين است: الوسوسه في التفکر في الخلق يا التفکر في الوسوسه في الخلق، يعني يکي از چيزهايي که امت مرا هرگز به خاطر آن معذب نخواهند کرد، اين است که انسان درباره خلقت‌، خدا و جهان فکر بکند و وسواسي در دلش پيدا شود.  
مادامي که او در حال تحقيق و جست‌وجو است‌، هرچه از اين شک‌ها در دلش پيدا شود، خدا او را معذب نمی‌کند و آن را گناه نمی‌شمارد. 
شک منزل بدي است ولي معبرخوب و لازمي[‌براي رسيدن به ايمان] است. 
استاد شهید مطهری‌، پيرامون جمهوري اسلامي، صص 125-124