حضرت آیت‌الله‌العظمی خامنه‌ای در پیامی، درگذشت عالم مجاهد و خدمتگزار حجت‌الاسلام والمسلمین سیّدمرتضی محمودی گلپایگانی را به مردم ورامین و خاندان مکرم آن مرحوم تسلیت گفتند.
متن پیام رهبر انقلاب اسلامی به این شرح است:
بسم الله الرّحمن الرّحیم
درگذشت عالم مجاهد و خدمتگزار جناب آقای 
حاج سیدمرتضی محمودی گلپایگانی رحمة‌الله‌علیه ابوالشهید و امام جمعه مردمی و پرکار ورامین را به همه مردم آن سامان و به خاندان مکرم ایشان تسلیت عرض می‌کنم.
ایشان در طول مدت خدمت ارزشمند در شمار موفق‌ترین‌ها بودند. رحمت و غفران الهی را برای آن مرحوم مسألت می‌کنم.
سیّدعلی خامنه‌ای - اول اسفند ۱۴۰۴